Výkon trestu označuje fázi trestního řízení, kdy dojde k reálnému naplnění uloženého trestu vůči odsouzené osobě. Nejčastěji jde o výkon trestu odnětí svobody, peněžitý trest, zákaz činnosti, obecně prospěšné práce nebo ochranná opatření.
Výkon trestu odnětí svobody se uskutečňuje ve věznici příslušného typu (s dohledem, dozorem, ostrahou, nebo zvýšenou ostrahou) a řídí se zákonem č. 169/1999 Sb., o výkonu trestu odnětí svobody.